Apa dură conține concentrații mari de calciu, magneziu și alte săruri minerale care, atunci când sunt încălzite și evaporate, pot forma depuneri de calcar pe suprafețele schimbătoarelor de căldură ale condensatorului răcit cu apă. În timp, această scară acționează ca o barieră izolatoare între apa de răcire și suprafețele metalice ale condensatorului, ceea ce afectează eficiența schimbului de căldură. Pe măsură ce scara se îngroașă, este nevoie de mai multă energie pentru a obține același efect de răcire, ceea ce duce la o eficiență redusă a sistemului, costuri operaționale mai mari și uzură crescută a sistemului. Acumularea de calcar poate duce, de asemenea, la o capacitate redusă de debit în interiorul condensatorului, ceea ce duce la presiuni și temperaturi mai mari. Pentru a combate aceste efecte, multe condensatoare răcite cu apă folosesc dedurizatoare de apă care îndepărtează ionii de calciu și magneziu sau folosesc substanțe chimice anti-detartrare pentru a inhiba formarea calcarului.

Calitatea apei cu niveluri extreme de pH (fie prea acid, fie prea alcalin) poate duce la coroziunea componentelor metalice din condensator racit cu apa . Apa cu pH scăzut (acid) poate provoca oxidarea suprafețelor metalice, ducând la rugină și slăbirea integrității structurale a condensatorului, în timp ce apa (alcalină) cu pH ridicat poate provoca coroziune alcalină, care distruge suprafețele metalice. Prezența clorurilor, care se găsește adesea în apa de mare sau în apa de răcire industrială, poate accelera coroziunea prin pitting, ducând la daune localizate. Pentru a preveni coroziunea, apa trebuie tratată pentru a menține un interval optim de pH, de obicei între 7 și 8,5, ceea ce este ideal pentru prevenirea coroziunii atât acide, cât și alcaline. Inhibitorii de coroziune, cum ar fi fosfații, compușii de zinc sau silicații, sunt utilizați în mod obișnuit împreună cu testarea obișnuită a apei pentru a asigura calitatea apei în limite tolerabile.

Sursele de apă care conțin sedimente, murdărie sau alte particule pot duce la înfundare și blocări în conductele condensatorului răcit cu apă și în sistemele schimbătoare de căldură. Aceste particule solide pot bloca fluxul de apă, reducând capacitatea acesteia de a transporta căldura departe de condensator. Debitul redus crește presiunea din interiorul condensatorului și scade eficiența generală de răcire a acestuia. În timp, acumularea sedimentelor poate duce la uzura abrazivă a componentelor interne, crescând în continuare nevoile de întreținere și potențialul de defecțiune. Pentru a atenua aceste probleme, sistemele de filtrare sau filtrele sunt instalate de obicei la punctele de intrare a apei pentru a prinde particulele mari înainte ca acestea să intre în condensator. Aceste sisteme sunt concepute pentru a îndepărta nisipul, nămolul și alte solide în suspensie care ar putea deteriora componentele interne sau ar putea reduce performanța.

Biofouling apare atunci când microorganismele, cum ar fi bacteriile, algele și ciupercile, se acumulează pe suprafețele de schimb de căldură ale condensatorului. Când sunt lăsate necontrolate, aceste microorganisme pot forma un biofilm, care acționează ca un strat izolator care afectează semnificativ transferul de căldură. Biofilmul promovează, de asemenea, coroziunea și înfundarea, scăzând și mai mult eficiența sistemului. Biofouling-ul este mai frecvent în sistemele care utilizează ape de suprafață (râuri, lacuri sau apă de mare) care au niveluri mai ridicate de material organic. Creșterea algelor este deosebit de problematică deoarece poate bloca fluxul de apă și poate duce la un consum crescut de energie, deoarece sistemul compensează eficiența redusă a transferului de căldură. Pentru a combate biofouling, sistemele de tratare a apei includ adesea biocide chimice (cum ar fi clor, brom sau compuși pe bază de cupru) care ucid microorganismele înainte ca acestea să poată forma un biofilm. Tratamentul cu lumină ultravioletă (UV) este o altă opțiune ecologică pentru prevenirea creșterii microbiene.